Tháng 6 âm lịch năm 1802, Gia Long tiến ra chiếm được Thăng Long, Quang Toản không chống nổi, bỏ chạy và sau đó bị bắt.[247] Nhà Tây Sơn bị tiêu diệt, Gia Long chính thức thống nhất quốc gia. Sau vài tháng nghỉ ngơi ở Phú Xuân, vào ngày giáp tuất tháng 11 (7 tháng 11 năm Nhâm Tuất, nhằm ngày 1 tháng 12 năm 1802) Nguyễn Ánh tiến hành làm lễ "Hiến Phù" ( nghĩa là lễ dâng tù) nhằm báo công với tổ tiên; và nhân đó tiến hành trả thù gia đình Quang Toản và những người theo Tây Sơn một cách tàn bạo: Quang Tự, Quang Điện, Nguyễn Văn Trị rồi các con của Nguyễn Nhạc gồm Thanh, Hán, Dũng bị giết ngay sau khi bị bắt, 31 người có quan hệ huyết thống với Nguyễn Huệ đều bị xử lăng trì. Quang Toản và những người con khác của Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ là Quang Duy, Quang Thiệu và Quang Bàn bị 5 voi xé xác, đầu bị bỏ vào vò và giam trong ngục. Nữ tướng Bùi Thị Xuân và con gái bị voi giày, chồng bà là Trần Quang Diệu do trước đó đã có lần tỏ ra khoan thứ cho quân Nguyễn nên xin được Nguyễn Ánh th...