VUA GIA LONG TRẢ THÙ NHÀ TÂY SƠN VÔ CÙNG TÀN NHẪN.

Tháng 6 âm lịch năm 1802, Gia Long tiến ra chiếm được Thăng Long, Quang Toản không chống nổi, bỏ chạy và sau đó bị bắt.[247] Nhà Tây Sơn bị tiêu diệt, Gia Long chính thức thống nhất quốc gia.

Sau vài tháng nghỉ ngơi ở Phú Xuân, vào ngày giáp tuất tháng 11 (7 tháng 11 năm Nhâm Tuất, nhằm ngày 1 tháng 12 năm 1802) Nguyễn Ánh tiến hành làm lễ "Hiến Phù" ( nghĩa là lễ dâng tù) nhằm báo công với tổ tiên; và nhân đó tiến hành trả thù gia đình Quang Toản và những người theo Tây Sơn một cách tàn bạo:

Quang Tự, Quang Điện, Nguyễn Văn Trị rồi các con của Nguyễn Nhạc gồm Thanh, Hán, Dũng bị giết ngay sau khi bị bắt, 31 người có quan hệ huyết thống với Nguyễn Huệ đều bị xử lăng trì.

Quang Toản và những người con khác của Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ là Quang Duy, Quang Thiệu và Quang Bàn bị 5 voi xé xác, đầu bị bỏ vào vò và giam trong ngục.

Nữ tướng Bùi Thị Xuân và con gái bị voi giày, chồng bà là Trần Quang Diệu do trước đó đã có lần tỏ ra khoan thứ cho quân Nguyễn nên xin được Nguyễn Ánh tha cho mẹ già 80 tuổi trước khi bị xử chết...

Lăng mộ nhà Tây Sơn như các lăng của vua Thái Đức và vua Quang Trung bị quật lên, hài cốt bị giã nát quăng đi, đầu ba vua Tây Sơn (Thái Đức, Quang Trung và Cảnh Thịnh) và bài vị vợ chồng Nguyễn Huệ thì bị giam trong ngục tối.

Các quan văn khác của Tây Sơn như Ngô Thì Nhậm và Phan Huy Ích ra hàng thì cho đánh đòn và được tha về (riêng Ngô Thì Nhậm thì bị Đặng Trần Thường trước có thù riêng nên cho người đánh chết).

Không chỉ tru di gia tộc của vua nhà Tây Sơn, Nguyễn Ánh còn truy sát cả dòng họ của một số danh tướng nhà Tây Sơn. Trong bút ký "Còn mãi đến bây giờ". Hoàng Phủ Ngọc Tường ghi rằng nhánh họ Bùi của nữ tướng Bùi Thị Xuân đã bị Gia Long giết sạch. Dòng họ của tướng Trần Quang Diệu bị truy sát, con cháu của ông phải dùng cách "sanh vi Nguyễn, tử vi Trần", tức là đổi họ từ Trần sang Nguyễn, nhưng khi mất sẽ ghi trên bia mộ là họ Trần (để nhắc nhở con cháu về dòng họ đích thực của tổ tiên)

Không chỉ trả thù những người theo nhà Tây Sơn, Nguyễn Ánh còn truy sát cả những người họ hàng rất xa (đã cách nhau cả chục đời) của Nguyễn Huệ. Theo sách "Những khám phá về Hoàng đế Quang Trung" của PGS sử học Đỗ Bang, thời kỳ đầu khi Gia Long lên ngôi, đã chỉ dụ cho dân địa phương ở xã Hưng Nguyên, tỉnh Nghệ An (nơi cụ tổ 10 đời của anh em nhà Tây Sơn từng sống vào 200 năm trước đó) rằng: “Hễ ai là bà con tộc thuộc của Tây Sơn ra khai báo, sẽ được trọng dụng bổ làm quan”. Có những gia đình cùng họ với nhà Tây Sơn tưởng thật, đã ra khai báo, nhưng không ngờ tất cả đều bị bắt và bị giết. Hiện nay, có 24 gia đình gốc họ Hồ đều có người chết trong ngày đại tang Tây Sơn, giỗ vào ngày 20 tháng 10 âm lịch hàng năm. Những người còn sống do lẩn trốn sang các làng khác, có người phải đổi thành họ Nguyễn mới tránh được sự truy nã.

Việc làm này của ông về sau bị sử sách nói nhiều đến mức độ thiên lệch cả về công và tội của Nguyễn Ánh. Theo phân tích của các sử gia, cuộc báo thù này có nhiều nguyên nhân:

Trả thù cho những việc Tây Sơn đã làm với các chúa Nguyễn là gia tộc của Nguyễn Ánh: Chúa Nguyễn Phúc Thuần, Nguyễn Phúc Dương cùng các vương thất họ Nguyễn đều bị Tây Sơn truy sát và giết hại. Nguyễn Ánh còn tuyên bố rằng Tây Sơn đã quật lăng mộ tám chúa Nguyễn và lấy hài cốt ném xuống sông (điều này vẫn còn là nghi vấn).

Trả thù cho những việc Tây Sơn đã làm với bản thân Nguyễn Ánh trước kia: quật lăng mộ của cha ông là Nguyễn Phúc Luân và lấy hài cốt ném xuống sông, các anh em ruột của ông là Nguyễn Phúc Đồng, Nguyễn Phúc Điển, các anh em họ như Nguyễn Phúc Hạo, Nguyễn Phúc Mân đều bị quân Tây Sơn giết chết, em họ ông là công chúa Nguyễn Phúc Ngọc Tuyền phải tự sát khi bị quân Tây Sơn làm nhục, và cả những nỗi khổ sổ trong những ngày tháng lênh đênh trốn chạy.

Dùng cuộc trả thù để tỏ rõ uy thế, làm khiếp sợ và buộc những người chống đối (ở đây chủ yếu là các cựu thần Lê-Trịnh) phải quy thuận trước vương triều mới. Có lẽ vì vậy, Nguyễn Ánh không hề tìm cách che đậy sự tàn bạo của mình trong việc này. Ông tuyên bố: "Trẫm nghe, vì chín đời mà trả thù là nghĩa lớn kinh Xuân Thu" (theo tích Công Dương truyện, Trang công năm thứ 4 chép: Tề Tướng công giết nước Kỷ, vì ông tổ xa đời là Ai công mà phục thù, đời gọi là mối thù chín đời);

Trong các đánh giá về sau về sự việc này, nhiều nhà nghiên cứu cho rằng Nguyễn Ánh đã thực hiện trả thù quá tay, giết hại nhiều người không liên quan và "đôi lúc rất tiểu nhân".

Có những ý kiến bào chữa việc Nguyễn Ánh trả thù nhà Tây Sơn quá tàn khốc là vì Nguyễn Huệ đã ra lệnh đào lăng mộ 8 chúa Nguyễn. Ý kiến này dựa trên bộ sử Đại Nam thực lục và "Nguyễn Phúc Tộc thế phả" do nhà Nguyễn biên soạn. Tuy nhiên, nhiều ý kiến khác cho rằng việc Quang Trung cho phá lăng tẩm chúa Nguyễn là do sử quan thời Nguyễn hư cấu ra, thiếu bằng cứ xác đáng. Đúng là các lăng mộ chúa Nguyễn đã bị phá hủy vào thời kỳ đó, nhưng Phú Xuân vào giai đoạn 1781-1785 từng thuộc sự kiểm soát của quân chúa Trịnh, rồi sau đó lại chiến sự liên miên, có rất nhiều các nhóm thổ phỉ chuyên đào mộ để cướp của, nên chưa thể quy trách nhiệm cho quân Tây Sơn nếu chỉ dựa vào ghi chép của Đại Nam thực lục. Ngoài bộ sách Đại Nam thực lục và "Nguyễn Phúc Tộc thế phả" do chính nhà Nguyễn viết, không có bộ sử nào khác của Việt Nam thời đó ghi chép lại việc này, dù đây là 1 sự kiện lớn, kể cả cuốn Hoàng Lê nhất thống chí của các học giả Ngô Gia văn phái đương thời (vốn chống Tây Sơn) cũng không ghi lại. Ghi chép của Đại Nam thực lục cũng không nói rõ việc đào mộ diễn ra vào ngày tháng năm nào, trong khi đây là một sự kiện rất quan trọng với nhà Nguyễn. Điều này cho thấy các sử quan nhà Nguyễn cũng không biết được lăng các chúa Nguyễn bị phá khi nào. Rất có thể các sử quan nhà Nguyễn đã dựa vào một việc có thực (lăng tẩm chúa Nguyễn bị phá) rồi cố ý gán trách nhiệm cho Nguyễn Huệ, nhằm bào chữa cho việc Nguyễn Ánh trả thù nhà Tây Sơn tàn khốc sau này, cũng như để hạ uy tín của nhà Tây Sơn trong nhân dân.